1、检验时间长
检验一台色谱仪通常需要3-5个小时，需要更长的时间。色差计运行前要先预热1-2个小时。否则仪器的基线很难稳定。另外，在检查过程中，基线和反复检查也需要很长时间。
2、多种仪器型号，操作复杂
色谱仪运行前需要更换色谱热、流动相、泵及探测器，并设置衰减、流速、纸速等，因此操作复杂。另外，色差计的型号比较多，各型号的色差计的工作界面都不同。特别是电脑工作站的引进，各种色差计的工作差异进一步扩大。
3、维修困难
色谱仪的内部电路非常复杂，更换部件使用该制造商的辅助产品，因此维修起来更加困难。
4、标准物质是主要的测量装置
不管是气相色谱仪还是气相色谱仪，基准噪音、基准漂移和小的检测浓度都是三个重要指标，对其进行检验只需要使用标准物质
5、不平衡分布
